Das Gemeindegebiet von Marklkofen grenzt an folgende Nachbargemeinden:
- Dingolfing im Nord-Westen
- Gottfrieding im Norden
- Frontenhausen im Süd-Westen
- Reisbach im Osten und im Norden
- Loiching im Westen
- Gangkofen im Süden
- Aham im Süd-Westen
Damit grenzt Marklkofen mit seiner Lage am süd-westlichen Rand der Landkreisgrenzen auch an die Landkreise Rottal-Inn sowie Landshut.
Anfahrt mit dem PKW:
Aus dem Norden erreicht man Marklkofen am Besten über die Autobahn A92 München - Deggendorf
- aus München kommend über die Ausfahrten Dingolfing-Mitte (17a) weiter durch Dingolfing Richtung Süden auf der Staatsstraße 2111.Nach ca. 12 km am Kreisverkehr Richtung Marklkofen abbiegen
- aus Deggendorf kommend über die Ausfahrt Pilsting / Großköllnbach (18) über die Staatsstraße 2074 Richtung Mamming und dann weiter Richtung Marklkofen
- aus Deggendorf kommend über die Ausfahrt Landau a.d. Isar (18) über die Bundesstraße B20 Richtung Landau a.d.Isar. Der Bundestraße in Richtung Süden folgen bis Mettenhausen und dann auf die Straße DGF 19 Richtung Marklkofen
Mit der Deutschen Bahn und den öffentlichen Verkehrsmitteln:
Marklkofen besitzt keine eigene Bahnanbindung. Deshalb ist die schnellste Anreise über den Hauptbahnhof von Landshut mit der DB und danach die Benutzung des RBO-Busses 6242 nach Marklkofen
Per Flugzeug:
über den nahegelegenen Flughafen München (Franz-Josef-Strauß)